CZ.1.07/2.3./20.0303

Zpráva ze stáže - University of Florida (USA)

Hulcr lab 320x240FlowBox 2 320x239STADIUM 320x239building 320x239

Ve dnech 17.2.-14.5.2014 se Mgr. Martin Šigut (PhD student, Ostravská univerzita v Ostravě) zúčastnil stáže na School of Forest Resources and Conservation, University of Florida, USA:

V průběhu stáže jsem měl možnost stát se členem týmu Dr. Jiřího Hulcra, který se specializuje na studium fylogenetických vztahů a evolučních zákonitostí ambrosiové symbiózy mezi houbami a kůrovcovitými brouky. Pro determinaci druhového složení splečenstva hub laboratoř využívá metagenomického přístupu Illumina Next Generation high-throughput sekvenování. Jelikož se specializuji na studium parazitoidů a jejich hostitelskou specializaci, o testoval jsem využití metagenomického přístupu pro determinaci parazitoidů v hostitelských housenkách. I když je příprava vzorků pro NGS poměrně náročná, umožňuje tato metodika oproti konvenčnímu Sangerovu sekvenování detekovat a citlivě v hostiteli determinovat těžce dostupná a rozeznatelná vajíčka, kukly i dospělce parazitoidů, a to najednou v jednom vzorku.

Stáž měla pro mne především praktický význam, jelikož tento metodický přístup bude v nejbližší době využit v nově vznikající Laboratoři trofických strategií hmyzu na Katedře biologie a ekologie Ostravské univerzity, kde budeme v masovém počtu zpracovávat vzorky hmyzu z projektu GAČR - Proč mají tropické lesy více druhů hmyzích herbivorů a parazitoidů než lesy mírného pásma.