CZ.1.07/2.3./20.0303

Zpráva ze zahraniční stáže - Langebio (Mexiko)

V období 14.3.-14.4. se Mgr. Jan Zima (PhD student, JU České Budějovice) účastnil stáže v Langebio (Mexiko) - the National Laboratory of Genomics for Biodiversity (Cinvestav), Laboratory of Ecological and Evolutionary Genomics, Irapuato.

Účastník si během individuálních konzultací osvojil řadu užitečných bioinformatických postupů využitelných při navrhování genetických markerů nové generace. Zejména šlo o práci v on-line databázi ant genomes portal (www.hymenopteragenome.org), a následné zpracování získaných sekvencí v běžných programech pro editaci sekvencí (např. SeaView, BioEdit či Geneious). Dále se účastník seznámil se základy zpracování výstupů ze sekvenátorů nové generace typu Illumina (práce v prostředí UNIX, programy Cutadapt, bwa, bowtie, RepeatMasker, Tablet). Praktickou částí výsledků stáže byla příprava vzorků pro sekvenaci genomů čtyř různých druhů Indopacifických mravenců metodou Illumina. Vzorky byly úspěšně připraveny, odeslány do specializované laboratoře a úspěšně sekvenovány na přístroji MiSeq Illumina s využitím kitu na přípravu genomové knihovny značky Nextera.