CZ.1.07/2.3./20.0303

Zpráva z pracovní cesty - Montpellier, Francie

Zpráva z pracovní cesty do Francie (laboratoř CBGP) - Josef Bryja a Alena Fornůsková

 

Ve dnech od 4. do 7. září 2013 absolvovali Doc. Mgr. et Mgr. Josef Bryja, Ph.D. (garant NextGen Project) a Mgr. Alena Fornůsková (PhD student, podpořená osoba), oba ÚBO AV ČR, v.v.i., krátkou stáž ve Francii v laboratoři Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (CBGP). Tato laboratoř je jedním z klíčových partnerů KA2 - NextGen Net.

Během pobytu byla diskutována následující problematika:

1) Josef Bryja (dále JB) diskutoval možnosti spolupráce mezi CBGP a NextGenProject s Jean-Francois Martin, který je v současnosti vedoucím bioinformatické platformy CBGP. Kromě informací o novém software vyvinutým na CBGP byla připravena logistická podpora pro několikaměsíční stáž post-doktorandky z ÚBO AV ČR (téma stáže: Srovnávací analýza MHC genů u afrických hlodavců).

2) Alena Fornůsková (dále AF) diskutovala s Nathalie Charbonnel možnost své účasti na projektu "Exprese imunitních genů u hlodavců z jihovýchodní Asie a jejich vnímavost k leptospiře". Během projektu budou využity metody NGS, případně genotypování pomocí optimálního setu SNP znaků.

3) JF i AF se aktivně zúčastnili lokálního workshopu, který probíhal na CBGP od 5. do 6. září (Réunion rongeurs, program je v příloze), kde jednotlivé týmy zabývající se biologií hlodavců prezentovaly své výsledky. Hlavní témata zahrnovala především šíření invazivních druhů v Senegalu a jejich dopad na místní faunu, srovnávací fylogeografie na základě multilokusových znaků, případně využití metagenomických metod pro identifikaci patogenů. JB prezentoval recentní výsledky týkající se fylogenetických vztahů a mechanismů speciace u afrických myší rodu Mus, včetně perspektivy využití tzv. RAD-TAG sekvenování pro detailnější genomickou analýzu.

 

Výzkumné centrum CBGP

 

CBGP