CZ.1.07/2.3./20.0303

Zpráva z pracovní stáže - Berlín, Německo

 

V rámci projektu NextGen byl na pracovní stáži v Berlíně (Institute of Zoo and Wildlife Research, Berlin, Germany) podpořen Mgr. Wasimuddin (Ph.D. student, Masarykova univerzita, Ústav biologie obratlovců).

Work Supervisor, place and duration: Prof Dr Simone Sommer, Head, Department of Evolutionary Genetics, Institute of Zoo and Wildlife Research, Berlin, Germany, from 1st of April to 30th of May.

Research work title: Studying gut microbiota by 16S RNA gene barcoding in Cheetah (Acinonyx jubatus): a next generation sequencing approach.

Abstract: Studied the gut microbial community of Tanzanian Cheetah by using next generation sequencing (Illumina MiSeq) approach. For this purpose DNA was isolated from 76 feces samples, 16S rDNA library was prepared and sequenced. Furthermore, sequences were joined and assembled from raw data using advance bioinformatics pipelines and OTU’s were generated in explicit taxonomic detail. Cheetah gut-microbial community in different samples in relation to behavioral and environmental issues has been deciphered.

Zpráva z pracovní cesty - Heraklion, Kréta

Ve dnech 13.-17. 5. 2013 se Mgr. Jakub Kreisinger, Ph.D. zúčastnil metagenomického kurzu Second Metabarcoding Spring School in Crete organizovaného v rámci evropského projektu Marbigen, pořádající institucí byl Institute of Marine Biology, Biotechnology and Aquaculture of the Hellenic Centre for Marine Research, Greece.

Kurz byl zaměřen na moderní přístup tzv. DNA metabarcodingu, používaného ke zjišťování biodiverzity v rozličných environmnetálních vzorcích, jde např. vzorky z rostlinných společenstvev, mořských ekosystémů, bakteriálních společenstev nebo vzorky trusu ke zjišťování složení potravy. Tento přístup je založen na PCR amplifikaci krátkého barcoding amplikonu v kombinaci s next-generation sekvenováním. Kurz se skládal z dopoledních teoretických přednášek a odpoledních praktických cvičení bioinformatické analýzy metabarcodingových dat. Součástí kurzu byly také krátké prezentace vybraných účastníků. Jakub Kreisinger prezentoval výsledky své práce zabývající se barcodingem střevní mikoroflóry u dvou poddruhů myši domácí.

Dne 18.5.2013 diskutoval s dalšímí účastníky kurzu z rozličných evropských insititucí o možnostech spolupráce a společných projektů.

Zpráva z pracovní cesty - Arizona, Michigan, USA

Ve dnech 23.3. - 15.4. 2013 se Mgr. Václav Janoušek (zodpovědný za analýzu dat) zúčastnil 2,5 týdenní návštěvy University of Arizona, během které byly provedeny prvotní analýzy výzkumného  projektu zabývající se rolí retrotransposonů v expanzích genových rodin v myším genomu. Během návštěvy byla získána prvotní data a prodisktuvána strategie celého projektu. Data budou po návratu do ČR dále analyzována ve spolupráci se Stuartem Bairdem.

Dále následovala několikadenní návštěva University of Michigan, kde probíhaly diskuze týkající se vznikajícího manuskriptu zaměřujícího se na roli genů podléhajících rychlé moleklulární evoluci při formování reprodukční bariéry u myši domácí. Návštěva umožnila prodiskutovat a vyjasnit technické detaily studie a následně sepsat metodiku celého projektu.

Zpráva z pracovní cesty - Cambridge, MA, USA

Ve dnech 18.-25.3.2013 se bioinformatik projektu NextGen Mgr. Libor Mořkovský zúčastnil workshopu Vizbi konaného v Cambridge, MA, USA s tématem vizualizace biologických dat. Průběžně zpracovává načerpané informace a zaujaly ho zejména tyto projekty: CuffDiff, ImageBee, BioLayout Express, BioFabric, Onezoom.