CZ.1.07/2.3./20.0303

Zpráva z pracovní cesty - Montpellier, Francie

Zpráva z pracovní cesty do Francie (laboratoř CBGP) - Josef Bryja a Alena Fornůsková

 

Ve dnech od 4. do 7. září 2013 absolvovali Doc. Mgr. et Mgr. Josef Bryja, Ph.D. (garant NextGen Project) a Mgr. Alena Fornůsková (PhD student, podpořená osoba), oba ÚBO AV ČR, v.v.i., krátkou stáž ve Francii v laboratoři Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (CBGP). Tato laboratoř je jedním z klíčových partnerů KA2 - NextGen Net.

Během pobytu byla diskutována následující problematika:

1) Josef Bryja (dále JB) diskutoval možnosti spolupráce mezi CBGP a NextGenProject s Jean-Francois Martin, který je v současnosti vedoucím bioinformatické platformy CBGP. Kromě informací o novém software vyvinutým na CBGP byla připravena logistická podpora pro několikaměsíční stáž post-doktorandky z ÚBO AV ČR (téma stáže: Srovnávací analýza MHC genů u afrických hlodavců).

2) Alena Fornůsková (dále AF) diskutovala s Nathalie Charbonnel možnost své účasti na projektu "Exprese imunitních genů u hlodavců z jihovýchodní Asie a jejich vnímavost k leptospiře". Během projektu budou využity metody NGS, případně genotypování pomocí optimálního setu SNP znaků.

3) JF i AF se aktivně zúčastnili lokálního workshopu, který probíhal na CBGP od 5. do 6. září (Réunion rongeurs, program je v příloze), kde jednotlivé týmy zabývající se biologií hlodavců prezentovaly své výsledky. Hlavní témata zahrnovala především šíření invazivních druhů v Senegalu a jejich dopad na místní faunu, srovnávací fylogeografie na základě multilokusových znaků, případně využití metagenomických metod pro identifikaci patogenů. JB prezentoval recentní výsledky týkající se fylogenetických vztahů a mechanismů speciace u afrických myší rodu Mus, včetně perspektivy využití tzv. RAD-TAG sekvenování pro detailnější genomickou analýzu.

 

Výzkumné centrum CBGP

 

CBGP

 

 

Zpráva z konference - Lisabon, Portugalsko

 

Z projektu NextGen byla popořena účast Jamie Caroline Winternitz, Ph.D. na konferenci ESEB 2013 konající se 19.-24.8.2013 v Lisabonu.

Na konferenci byla prezentováno téma Sexual selection explain more functional variation in the mammalian major histocompatibility complex than paratism.

  

Understanding drivers of genetic diversity at the major histocompatibility complex (MHC) is vitally important for predicting how vertebrate immune defense might respond to future selection pressures and for preserving immunogenetic diversity in declining populations. Parasite-mediated selection is believed to be the major selective force generating MHC polymorphism, and while MHC-based mating preferences also exist for multiple species including humans, the general importance of mate choice is debated. To investigate the contributions of parasitism and sexual selection in explaining among-species variation in MHC diversity, we applied comparative methods and meta-analysis across 112 mammal species, including carnivores, bats, primates, rodents, and ungulates. We tested whether MHC diversity increased with parasite richness and relative testes size (as an indicator of the potential for mate choice), while controlling for phylogenetic autocorrelation, neutral mutation rate and confounding ecological variables. We found that MHC nucleotide diversity increased with parasite richness for bats and ungulates, but decreased with parasite richness for carnivores. In contrast, nucleotide diversity increased with relative testes size for all taxa. This study provides support for both parasite-mediated and sexual selection in shaping functional MHC polymorphism across mammals, and importantly, suggests that sexual selection could have a more general role than previously thought.

 

Zpráva z konference - Belfast, UK

V rámci projektu NextGen byla podpořena účast prof. RNDr. Miloše Macholána, CSc. na konferenci 11th International Mammalogical Congress konající se 11.-16.8.2013 v Belfastu, UK.

Na konferenci byl zde prezentován poster s názvem Genomika introgrese přes druhovou bariéru: půl milionu SNP napříč evropskou hybridní zónou domácích myší:

Pochopení speciace jako procesu narození a smrti vyžaduje studium nejen zachování druhových bariér („speciační geny“), ale také sil, které tyto bariéry prolamují („antispeciační geny“). Jako přírodní experiment ke studiu těchto sil používáme evropskou hybridní zónu domácích myší.  Jestliže je hustota SNP markerů na rekombinační mapě hustá, nelze tyto markery považovat za sérii nezávislých lokusů, ale měly by se analyzovat v rámci Fisherova znázornění výsledku genetického mísení a rekombinace: jako bloky DNA ancestrálního původu podél genomu a pozice styčných bodů mezi nimi (vzniklých rekombinací), tj. tam, kde se bloky odlišného původu střídají. Kaskády bloků o různé velikosti umožňují odlišit ancestrální a introgresní polymorfismus. Spektra velikostí introgresních bloků umožňují odvodit dobu uplynulou od sekundárního kontaktu. Geografickou analýzou odlehlých hodnot (outlierů) můžeme identifikovat oblasti genomu spojené s introgresí „antispeciačních“ genů přes druhovou bariéru. Proniknutí do podstaty tohoto procesu zlepšuje naše chápání nejen druhové bariéry myší, ale také toho, jak tato bariéra může přirozeným způsobem zanikat.

 

Publikované články

 

High rates of conspecific brood parasitism revealed by microsatellite analysis in a diving duck, the common pochard Aythya ferina.

Ondřej Šťovíček, Jakub Kreisinger, Veronika Javůrková, Tomáš Albrecht.

Journal of Avian Biology. DOI: 10.1111/j.1600-048X.2013.00074.x

  

Assessing the genetic impact of massive restocking on wild mallard.

J. Champagnon, P-A. Crochet,  J. Kreisinger, D. Čížková, M. Gauthier-Clerc, G. Massez, P. Söderquist, T. Albrecht, M. Guillemain.

Animal Conservation. DOI: 10.1111/j.1469-1795.2012.00600.x