CZ.1.07/2.3./20.0303

Zpráva z workshopu - Cambridge, Velká Británie

Díky podpoře z projektu NextGen se mohla Mgr. Tereza Králová (PhD Student, ÚBO) zúčastnit NGS workshopu pořádaného společností EMBL-EBI ve dnech 14. – 17. října 2013 v Cambridge ve Velké Británii.

Technologie sekvenování nové generace (next generation sequencing, NGS) se čím dál tím více uplatňují i v zoologickém výzkumu. V současné době existuje několik různých platforem pro NGS sekvenování. Tento kurz poskytl svým účastníkům nejen vyčerpávající přehled dostupných metod NGS, ale i širokou škálu veřejně dostupných zdrojů NGS dat a způsobů jejich analýzy. Teoretické přednášky byly doplněny praktickými sekcemi s konkrétními příklady využití daných analýz. Účastníci kurzu byli pečlivě vybíráni z více než stovky přihlášených uchazečů, což významně přispělo k vytvoření vysoce odborné úrovně celého workshopu. Velkým přínosem byly především osobní diskuse s evropskými odborníky na NGS technologie.

 

IMG 2987 smaller-2

 

PA160983 smaller

 

Zpráva z konference - Bujumbura, Burundi

 V rámci projektu NextGen byla podpořena účast Mgr. Veroniky Bartákové, studentky PřF MU, na konferenci PAFFA 5 (Fifth International Conference of the Pan African Fish and Fisheries Association). Konference probíhala v Bujumbuře v Burundi ve dnech 16. - 20. září 2013. Zazněly zde příspěvky týkající se systematiky, výzkumu biodiverzity, biologie, ekologie a chování ryb, ochraně a managementu vodních ploch a také o produkci ryb v Africe 21. století.

Veronika zde prezentovala poster Comparative phylogeography of annual Nothobranchius fishes from southern Mozambique shrnující výsledky její diplomové práce.

 

 POSTER BURUNDI2013 final 480x640

Zpráva z pracovní cesty - Trento, Itálie

  

Ve dnech 23.9.-1.10.2013 Mgr. Jakub Kreisinger, Ph.D. (analýza dat) absolvoval pracovní cestu do Itálie na instituci Fondazione Edmund Mach. 

Cílem toho pracovního pobytu bylo vyřešit technické a administrativní náležitosti týkajíce se mé plánované pracovní stáže se na instituci Fondazione Edmund Mach. V programu bylo i několik pracovních schůzek s vedoucími projektu ECOBIOME Heidi Hauffe a Sarah Perkins, a dalšími členy týmu, se kterými se diskutovali detaily mé pracovní náplně.

Řešitelem projektu Worms and germs: An ecological approach to understanding how gut bacteria(microbiome) interact with the parasitic helminths (macrobiome) jsou Sarah Perkins (Cardiff University) a Heidi Hauffe (Fondazione Edmund Mach - Itálie). Cílem projektu je zjistit do jaké míry parazitičtí hlísti ovlivňují složení střevní mikrobioty u volně žijících hlodavců a jaký efekt mají interakce mezi těmito parazity a střevními bakteriemi na stimulaci imunitního systému hostitele. Jakub Kreisinger se v rámci tohoto projetu bude zabývat analýzami funkčního a taxonomického složení bakteriání komunity u cílových druhů za použití sekvenačních dat a bioinformatických nástrojů.

Pobyt hodnotím jako úspěšný. Podařilo se mně zorientovat v detailech problematiky, která bude v rámci projektu zkoumána, a vyřešit administrativní náležitosti spojené s mým dalším působením na navštívené instituci. Doufám, že navázané kontakty pomohou v budoucnu i dalším pracovníkům UBO, kteří se obdobnou problematikou také zabývají.

Zpráva z konference - Berlín, Německo

  

Vďaka podpore projektu NextGen sa Mgr. Tatiana Aghová (PhD student, ÚBO) a Mgr. Tereza Králová (PhD student, ÚBO) zúčastnili 9th International Conference on Behaviour, Physiology and Genetics of Wildlife, ktorá sa konala 18.-21. Septembra v Berlíne (Nemecko).

Na konferencii bol Tatianou Aghovou prezentovaný poster s názvom: Analysis of distribution of genetic lineages of African rodents – DNA barcoding using next-generation sequencing and museum samples:

Poster-Berlín 567x800

DNA barcoding umožňuje genetickú identifikáciu organizmov na základe krátkej sekvencie DNA. V priebehu posledných rokov bola táto metóda rozšírená o sekvenovanie ďalšej generácie (Next-generation sequencing – NGS). V našom projekte používame NGS na genotypovanie muzeijných vzoriek s cieľom analyzovať distribúciu genetických línií u modelových rodov afrických hlodavcov. Tento prístup umožnil sekvenovať obrovské množstvo vzoriek za prijateľnú cenu. Zároveň rieši problémy, ktoré sú spojené so spracovávaním muzeijných vzoriek (kontaminácia, degradácia, fragmentácia). Dáta z múzeí výrazne obohatia náš dataset získaný z recentných expedícii v teréne. Obzvlášť dôležité sú vzorky z ťažko dostupných lokalít (z politického alebo iného dôvodu) a typový materiál.

 

V rámci workshopu "Making the best use of NGS (next-generation sequencing)" prezentovala Tereza Králová téma s názvem Innate immunity receptors in tropical and temperate zone passerines:

 

P9195965 1024x768-oříznutá

 

Vrozená imunita tvoří u obratlovců první bariéru před patogeny a parazity vyskytujícími se v prostředí a pomáhá aktivovat jejich specifickou adaptivní imunitu. Důležitou součástí vrozené imunity jsou tzv. toll-like receptory (TLR), které na sebe váží široké spektrum molekul vyskytujících se u různých patogenů. Přestože jsou TLR molekuly obecně konzervativní, u některých typů receptorů byla již popsána překvapivá vnitro- i mezidruhová variabilita. V naší studii využíváme moderní metody NGS na osekvenování vazebného místa toll-like receptoru 4 u pěvců tropického a mírného pásma. Tento přístup nám pomůže objasnit, zda se zkoumané druhy liší ve struktuře a variabilitě receptorů či míře selekce, která na ně působí v různých zeměpisných šířkách. U některých nemodelových druhů pěvců se jedná vůbec o první popis a srovnání TLR molekul.