CZ.1.07/2.3./20.0303

Zpráva z pracovní cesty - CBGP, Montpellier, Francie

 

Doc. Mgr. et Mgr. Josef Bryja, PhD. (garant projektu) se účastnil 17.-20.12.2013 několikadenního jednání o využití technologií tzv. next-generation sekvenování a dalších multilokusových analýz ve společných projektech mezi ÚBO AV ČR a CBGP (Centre de Biologie et Gestion des Populations, Montpellier sur Lez, Francie) . Ty se týkaly zejména následujícího:

1) analýza SNP znaků v genech vrozené imunity u hlodavců (N. Charbonnel, A. Fornůsková),

2) "minibarcoding" muzejních vzorků hlodavců v biogeografických analýzách, pyrosekvenování, program SESAME Barcode (M. Galan),

3) analýza MHC amplikonů na platformě MiSeq (Illumina), komparativní studie variability MHC genů u afrických a asijských hlodavců (M. Galan, J.F. Martin).

 S vedoucím bioinformatické platformy CBGP, dr. J.F. Martinem, byla rovněž předběžně domluvena účast na plánovaném workshopu na podzim 2014 v Brně.

Zpráva ze zahraniční stáže - Londýn, Velká Británie

Díky podpoře z projektu NextGen mohl ve dnech 8.-17.12.2013 Mgr. Vojtěch Baláž podniknout zahraniční stáž u dr. Trentona Garnera na Institute of Zoology, Zoological Society of London.  

Hlavním cílem stáže byla kultivace patogenní houby Batrachochytrium dendrobatidis vyskytující se u obojživelníků z ČR. Kultura bude využita k celogenomové analýze a určení jejího postavení v rámci známých linií na Imperial College of London pod vedením dr. Matta Fishera. Dále jsem se zapojil do testování nové metodiky detekce patogenů, B. dendrobatidis a ranaviru, pomocí metody isotermální amplifikace DNA (LAMP). Nakonec jsem na IoZ domluvil poskytnutí kvantifikačních standardů DNA ranaviru pro real-time qPCR, kterou v současné době zavádím na VFU v Brně.

Zpráva ze seminářů - Brno, Praha

Ve dnech 19.-20. 11. 2013 se Mgr. Anna Bryjová zúčastnila semináře Kurz Real-Time PCR, organizovaný společností SEQme s.r.o. Real Time PCR je často používaná při přípravě experimentů a vzorků pro NGS sekvenování. Protože se však jedná o poměrně komplikovanou metodiku, je třeba proniknout do všech úskalí, jež se mohou během práce naskytnout. V případě špatně nastaveného designu RT-PCR by mohlo dojít i k omylům, které by se pak znásobily u NGS sekvenování. V rámci kurzu se probíral zejména správný design, výběr chemikálií, nastavení interních a externích kontrol.

27.11.2013 navazoval na základní kurs Kurz Real-Time PCR – Relativní kvantifikace nejen genové exprese, v tomto případě se jednalo již o strategie zpracování dat získaných v RT PCR experimentech.

 

Zpráva ze zahraniční cesty - Visegrad, Maďarsko

V termínu 11.-15.11.2013 se v maďarském Visegradu zúčastnila Mgr. Olga Růžičková (manažer vědeckých projektů) 4 denní vzdělávací akce „EUROPEAN FUNDING ACADEMY 2014-2020 – Autumn Edition“ pořádaného firmou Europamedia.

Náplň akce tvořily přednášky a workshopy věnované novým finančním nástrojům a programům EU, především pak programu Horizon 2020. Zkušení přednášející, kteří jsou zároveň sami manažery řady evropských projektů, nám během nabitého programu (který probíhal každý den od 9 do 17 hodin), předávali nejen informace o nových programech, ale především nám zprostředkovali své praktické zkušenosti a tipy. Za asi nejzajímavější a pro mne nejpřínosnější část považuji právě zmíněné workshopy, kde jsme měli možnost seznámit se podrobněji a hlavně prakticky si v pracovních skupinách vyzkoušet například počáteční fázi přípravy projektu, od porozumění dané výzvě až po přípravu správné „kostry“ projektu. Velice zajímavé bylo také vyzkoušet si roli evaluátora a také manažera projektu řešícího nastalé komplikace a změny v průběhu již běžícího projektu.

Na akci se sešlo 20 účastníků z 9 různých evropských zemí a Ruska a přínosem byly pochopitelně i diskuse s kolegy během přestávek a „social events“. Jen škoda, že účastníci byli zaměřením převážně z jiných oborů, takže nebylo možno navázat přímou spolupráci.

Pro mne osobně bylo velkým přínosem, že jsem měla možnost trochu lépe pochopit mechanismy, jakými HORIZON 2020 funguje a vyzkoušet si prakticky řadu pro mne nových věcí. Věřím, že tyto mé zkušenosti napomohou k ještě kvalitnějšímu servisu pro naše vědce v rámci Grant Office projektu NextGen.

Na závěr bych chtěla říci, že tento vzdělávací kurz byl skutečně na vysoké úrovni a firmu Europamedia mohu komukoliv vřele doporučit – zázemí, profesionální přístup a vynikající kvalita všech přednášek a workshopů naprosto odpovídaly na první pohled poměrně vysoké ceně.

 

 Obr.1

 

 

Obr.2