CZ.1.07/2.3./20.0303

Zpráva z workshopu - Heidelberg (Německo)

4.-8.3.2014 se Mgr. Libor Mořkovský (bioinformatik) účastnil workshopu VizBi 2014 konaném v německém Heidelbergu.

Workshop sestával převážně ze zvaných přednášek světových odborníků na zobrazování dat v biologii. Přednášky byly zaznamenávány a několik měsíců po proběhnutí workshopu volně zpřístupněny na internetu.

Další součástí workshopu byla poster session probíhající během přestávek. Zde mne zaujalo několik projektů na organizaci dat z experimentů a dále technika použitá na redukci dimenzionality dat - Barnes-Hut-SNE.

Zpráva z pracovní cesty - Sheffield (UK) + Antwerpy (Belgie)

Ve dnech 25.2.-9.3.2014 Stuart Baird a Joelle G. de Bellocq navštívili zahraniční instituce, kde diskutovali následující témata:

Stuart J.E.Baird: University of Antwerp: collaboration with Sophie Gryseels, Benny Borremans and Joelle Gouy de Bellocq on "Modest" - an R package for post-processing multilocus clustering analyses using the software STRUCTURE.

University of Sheffield: collaboration with Prof Roger Butlin and Anja Westram on multilocus analysis of Littorina admixture. Discussion with Ben Wielstra on grant proposal for multilocus analysis of Salamander admixture.

Joelle Gouy de Bellocq: During my stay in Belgium I have been working with Sophie Gryseels and Herwig Leirs from the University of Antwerp to plan next generation sequencing (NGS) of RNA viruses from our common project on viruses in Africa. The samples have been outsourced to Macrogen for NGS. We are now waiting for the data. During my stay in Sheffield, I have met with Roger Butlin from Sheffield University to discuss about parasites in a sea shore snail hybrid zone and plan future work on genomic of those parasites in this hybrid zone.

Zoologické dny 2014

 

Ve dnech 6. a 7.2.2014 se poprvé v Ostravě konala v současné době největší pravidelná konference se zoologickou tematikou v rámci České republiky a Slovenska Zoologické dny 2014. První den konference se odehrával v hale Gong v areálu vítkovických železáren a druhý den na katedře biologie a ekologie Ostravské univerzity v Ostravě.

Dvoudenní konference se účastnilo kolem 450 vědeckých pracovníků a studentů. Někteří z nich prezentovali své výsledky formou přednášky či posteru. Odeznělo 133 přednášek ve 20 přednáškových sekcích (+ 2 plenární přednášky) a bylo vystaveno 138 posterů.

 

Jedna ze sekcí s názvem Potential of "next-generation" genetic techniques in zoological research byla konána za podpory NextGen Projectu. V rámci této sekce zaznělo 7 velmi zajímavých přednášek a níže přikládáme neméně zajímavé fotografie :)

 

Baird S.: Potential of "next-generation" genetic techniques

Piálek L., Doubnerová K., Casciotta J., Almirón A., Petrusek A., Říčan O.: Paralelní evoluce a sympatrická speciace u neotropických cichlid: Fylogenomická analýza s použitím metody ddRAD

Martínková N.: Prekonávanie next-gen hraníc

Wasimuddin, Menke S., Meier M., Wachter B., Sommer S.: Knowing gut-microbiome of cheetah; influence of age, sex and geography  

Winternitz J., Bryja J.: Next Generation Sequencing and immune gene evolution: a comparative approach

Aghová T., Piálek L., Čížková D., Šumbera R., Bryja J.: DNA barcoding muzeijných vzoriek a NGS: ako to (ne)funguje?

Baláž V.: Current molecular methods in amphibian chytrid fungus research, present results and future promises

Zpráva z konference - Bath, Velká Británie

Stuart E.J. Baird, Ph.D. attended the annual Population Genetics Group meeting in Bath, UK and I gave a talk: Genome wide multilocus analysis of a hybrid zone:

We use a hybrid zone with well-developed genomic resources to highlight what may soon be possible for non-model systems. The European House Mouse hybrid zone (HMHZ) is well studied, and the mouse and human genomes were completed in parallel due to the pivotal role of laboratory mice in medical research. This means mouse genome functional annotation is dense and cheap methods exist to recovery SNP variation at the population genomic scale. We combine 1400 SNPs for 1400 mice near the HMHZ and 0.5 million SNPs for 250 mice at a wider geographic scale to assess variation in gene flow permeability of the HMHZ species barrier along the mouse genome. As genome sampling and computational resources are no longer bottlenecked the challenge becomes making sound (model based) inference about the evolutionary process. Comparison with analyses using traditional datasets shows that the existing modelling framework of multilocus hybrid zone population genetics predicts genome wide patterns extremely well, providing a logical starting point for extensions that take advantage of higher resolution data. Dense SNPs allow co-estimation of source taxon and phase of DNA strands along chromosome pairs ie reconstruction of recombinant haplotypes as interdigitated blocks labelled by source. We illustrate how applying Fisher’s model of genome admixture can then distinguish ancestral polymorphism from introgressive, and allow us to move away from simplistic genome-outlier analyses and towards a model based understanding of the dynamics of introgression across a species barrier.