CZ.1.07/2.3./20.0303

Zpráva z pracovní stáže - Marseille (Francie)

V dňoch 15. 4. – 16. 6. 2015 sa Lenka Gettová zúčastnila stáže na Aix-Marseille Université, Marseille, Francúzsko. Pobyt bol financovaný projektom „NextGenProject: Technologie nové generace v evoluční genetice (CZ.1.07/2.3./20.0303)“.

Cieľom stáže bolo predovšetkým oboznámiť sa s možnosťami spracovania vzoriek zozbieraných počas Ph.D. štúdia s použitím NGS techník. Pre štúdium polymorfizmu génov hlavného histokompatibilného systému (MHC gény) boli diskutované a zvažované platformy Illumina™ a Ion Torrent™. Následne boli zvládnuté pracovné postupy na prípravu DNA knižníc pre vybranú platformu IlluminaTM (od izolácie RNA po elektroforézu fragmentov na čipoch Agilent Technologies). V súčasnosti sú získane sekvenčné dáta analyzované programom SESAME.

Osvojené poznatky a zvládnuté techniky budú taktiež v budúcnosti využité pri príprave RNA/DNA knižníc v domovskom pracovisku aplikanta (Masarykova univerzita, Brno).