CZ.1.07/2.3./20.0303

Zpráva ze stáže - Florida (USA)

Ve dnech 25. 3. - 12. 6. se Petr Pyszko v rámci projektu NextGenProject: Technologie nové generace v evoluční genetice (CZ.1.07/2.3./20.0303), zúčastnil stáže na School of Forest Resources & Conservation, University of Florida, USA za účelem spolupráce s laboratoří vedenou Mgr. Jiri Hulcrem Ph.D. na vlastním projektu.

V průběhu stáže pracoval na vlastním projektu, který byl zaměřen na bakteriální symbionty trávícího traktu bryofágního hmyzu. Konkrétně se jednalo o analýzu změn složení bakteriálních společenstev v závislosti na míře bryofagie u několika blízce příbuzných druhů marší (Tetrigidae) a sledování cest vertikálního a horizontálního transportu bakterií u brouků rodu Cytilus sericeus (Byrrhidae).

V průběhu stáže byl Petr Pyszko postupně seznámen s chodem laboratoře a metodami práce při přípravě vzorků pro metagenomickou studii pomocí Illumina Miseq platformy. Následoval vlastní projekt zaměřený na výše zmíněná témata. V současné době probíhá studium programu Qiime sloužícího k analýze mikrobiálních sekvenčních dat a jeho aplikace na získané výsledky. Projekt tedy bude dále pokračovat statistickou analýzou dat a předpokládanou prací na publikacích v časopisech s IF faktorem. Spolupráce se School of Forest Resources & Conservation bude nadále rozvíjena.