CZ.1.07/2.3./20.0303

Zpráva ze stáže - Ploen (Německo)

Na úplnom začiatku mojej stáže (Zuzana Hiadlovská) bola v podstate akcia konaná prostredníctvom NextGen a to Workshop a konferencia 27. – 31. 10. 2014 v Nových hradoch. Tu som mala možnosť vidieť výsledky Dr. A. Yanchukova a Dr. Ž. Pezer Sakač ktorý pomocou metód Next-Generation sequencing študujú genetický polymorfizmus – variabilitu v počte kópií génov (CNV = copy number variation) v myších populáciách. Po konzultácii s nimi ako aj s mojím vedúcim prof. M. Macholánom sa mi otvorila možnosť naučiť sa metódu ktorou možno CNV analyzovať, a to digital droplet PCR, na pracovisku Max Planck Institute for Evolutionary Biology, v skupine Department Evolutionary Genetics vedenej prof. D. Tautzom. Reagovala som teda na výzvu NexGen projektu a požiadala o finančnú podporu, ktorá by mi umožnila toto pracovisko navštíviť.


Stáž bola plánovaná na dva mesiace, nakoľko som po zvládnutí metódy mala realizovať tiež screening. Pôvodný termín odjazdu 15.2.15 sa kvôli komplikácia s dopravou (nedeľa) presunul na 16.2.15, kedy som vyrazila vlakom z Brna do Plönu, kde sa MP IEB nachádza. K pobytu som využila rôzne ubytovacie kapacity MP IEB, tak ako boli k dispozícii.
Po zaškolení a zvládnutí rutinného protokolu ddPCR som spolu s Dr. A. Yanchukovom realizovala screening cca 300 vzoriek divokých myší na 6 génoch, vrátane dizajnu a optimalizácie primerov pre dva z nich. Ďalej som designovala niekoľko párov primerov pre tri multi-copy gény myší, dva na chromozóme X a jeden na Y. Po primárnych testoch s EvaGreen dye nasledovala optimalizácia 5 párov s príslušnou próbou (standard qPCR assay). Na záver som takto na dva gény na X oscreenovala 34 vzoriek inbredných kmeňov myší ktoré nám poskytol Dr. J. Piálek, a pre gén na Y okrem týchto 34 vzoriek aj cca 130 samcov divokých myší.
Počas pobytu som mala taktiež možnosť navštíviť prednášky a semináre, obnoviť kontakty naviazané počas Workshop on wild mouse biology v Plöne 23-24.5.2014, kde do budúcnosti črtá ďalšia možnosť bilaterálnej spolupráce. Počas tejto stáže, podporenej projektom NextGen som sa teda nie len naučila novú metodiku pre štúdium CNV, získala veľmi cenné dáta a upevnila jestvujúce či nadviazala nové kontakty. Toto všetko pozitívnym spôsobom ovplyvňuje moju kariéru a tak verím že boli splnené ciele projektu. Týmto ďakujem menežmentu projektu NextGen za poskytnuté prostriedky, pomocou ktorých boli kryté všetky náklady spojené s cestou aj pobytom.
Stáž som ukončila 15.4.15 keď som nastúpila cestu naspäť a to najprv vlakom do Hamburgu a potom autobusom Hamburg-Praha-Brno, kam som dorazila 16.4.15 ráno.

 

Domek

 

Lab