CZ.1.07/2.3./20.0303

Zpráva z workshopu (On Genomics) - Český Krumlov

Ve dnech 11. – 24. ledna 2015  se Jiří Vorel účastnil prestižního kurzu Workshop on Genomics, pořádaném v Českém Krumlově. Workshop byl zaměřen na velice aktuální téma, tj. na zpracování, vyhodnocení a porozumění datům, které produkují moderní sekvenační technologie (např. 454, Illumina, Pacific Biosciences, Nanopore seq.) a to pomocí příslušných softwarových nástrojů.

Kurz začínal každodenním ranním teoretickým úvodem na dané téma (přednáška zahraničního specialisty), s následným praktickým cvičením se vzorovými daty (instruovaný postup dozorovaný specialisty). Mimo jiné byli účastníci seznámeni s historií a současností sekvenčních metod. Lektoři se dále intenzivně věnovali práci v Unixovém prostředí, kontrole kvality získaných dat, sekvenčnímu vyhledávání v databázích či skládání sekvenčních fragmentů do původní podoby genů/genomu. Ve specializovaných částech kurzu byl program zaměřen na využití NGS metod v metagenomice, patogenomice, genomice jedné buňky, evoluční genomice, či transkriptomice.

Osobně považuji celý kurz za mimořádně přínosný. Program kurzu byl nastaven tak, aby i začátečník získal dobrý přehled o všech krocích, které je potřeba učinit, aby z původních výstupních sekvenčních dat bylo možné získat smysluplné výsledky. Za velké plus považuji i to, že u několika analýz bylo představeno více různých softwarových možností a analytických postupů, z nichž si uživatel může vybírat dle svého uvážení a komfortnosti práce.

 

WoGI.I 2 800x263