CZ.1.07/2.3./20.0303

Zpráva z workshopu - Samara Private Game Reserve (Jihoafrická republika)

IMG 7589 640x358

autor fotografie: Jeanette Wentzel

Ve dnech 3. až 7. listopadu 2014 se Mgr. Barbora Zemanová, Ph.D.  zúčastnila 4. jarní školy metabarcodingu v Jihoafrické republice; konkrétním místem konání byla reservace Samara Private Game Reserve v oblasti East Cape. Celá služební cesta (tj. včetně cest na/z místa konání) trvala od 1. do 9. listopadu a absolvovala jsem si společně s kolegou Wasimuddinem, Ph.D.:

Výuka trvala obvykle od 8.30 do 18.30 (s přestávkami) a zahrnovala jak přednášky (o možnostech využití metody metabarcodingu v ekologických studiích a o problémech, které se s touto metodou váží), tak praktická cvičení. Trénovali jsme identifikaci trusu afrických kopytníků v terénu, učili se tyto vzorky sbírat, extrahovat z nich DNA a připravit PCR reakci. Většina praktických cvičení však byla věnována plánování metabarcoding-zahrnujícího experimentu (výběr vhodného bar kódu a vhodných primerů) a postupům zpracování rozsáhlých datových soborů získaných metabarcodingem (hl. filtrace chybných sekvencí). Kurz považuji za velice užitečný. Naučila jsem se celý postup metabarcodingu a získaly jsme také odkazy na mnohé softvérové nástroje, které se dají při metabarcodingu efektivně využít.

The fourth DNA metabarcoding spring school was mainly concerned about diet assessment but also covered assessing biodiversity in environment, paleo ecology etc. using the approach of DNA metabarcoding (NGS). The spring school was organized and directed by renowned names from the field, belong to different countries. It was an interactive workshop where participants learned about usefulness of this new method theoretically and at the same time performed the pipeline analysis practically. Other than learning there were field trips organized by team to get familiar with identification of non-invasive samples and also to know about various animal species. Overall, this school was a big success in terms of learning, getting in contacts of other researchers and also observing animal species in wild.

In this regard, I would like to thank to NextGenProject (CZ.1.07/2.3.00/20.0303) for providing me travel support to attend this conference, which was a great success.