CZ.1.07/2.3./20.0303

Zpráva ze stáže - Berlín (Německo)

Pracovní cesta za účelem izolace různých kmenů myšího cytomegaloviru (MCMV) z buněčných kultur byla uskutečněna ve dnech 12.1.2015 až 6.3.2015. 8 týdnů trvající stáž Jany Těšíkové na hostující organizaci (Robert Koch Institut, Berlín - Oddělení infekčních chorob, Divize 12) probíhala pod vedením Dr. Sebastiana Voigta.

Během pracovní cesty bylo opakovaně využito dvou linií individuálně připravených buněčných kultur myších fibroblastů (3T3 a 10.1 buňky) pro reaktivaci MCMV in vitro ze slinných žláz dvou poddruhů myši domácí (Mus musculus musculus a Mus musculus domesticus) odchycených na území ČR a Německa napříč hybridní zónou. Část pokusu o reaktivaci probíhala přímo (položením malých kousků slinných žláz na buněčnou kulturu) a část za využití orgánového homogenátu. Do pokusu bylo zahrnuto celkem 65 orgánů, a to z jedinců, u nichž byla předem zjištěna přítomnost MCMV za pomocí PCR.

Počáteční fáze experimentu byly negativně ovlivněny přítomností bakteriální kontaminace a nepředvídatelností infekce u MCMV získaných z divoce žijících hlodavců. Laboratoř RKI standardně pracuje s laboratorními zvířaty a laboratorními kmeny virů, navíc je zaměřena na práci s krysím cytomegalovirem (RCMV), jehož vlastnosti se od MCMV liší. I přes tyto nepříznivé podmínky se podařilo reaktivovat virus u 13 různých jedinců. Z těchto 13 buněčných kultur, jež vykazovaly cytopatologický efekt v podobě virových plaků, byl opakovaně sklizen supernatant obsahující virové částice. Získané supernatanty byly koncentrovány do menšího objemu a převezeny zpět do ČR k dalším analýzám, především k sekvenaci a zjištění genetické variability přítomného MCMV.

Zpráva z konference - Zürich (Švýcarsko)

Barbora Zemanová s Petrou Hájkovou se zúčastnily konference 1st Annual Meeting in Conservation Genetics, která se konala 28.–30. 1. 2015 na institutu WSL Birmensdorf, Zürich ve Švýcarsku.

Šlo o setkání středoevropských ochranářů, kteří při své práci využívají výsledky genetického výzkumu a výzkumníků, kteří se věnují ochranářské genetice. Celkem bylo přihlášeno 91 účastníků.

Vyslechly jsme plenární přednášky Mike Bruforda a Lukase Kellera a řadu kratších příspěvků o využití genetiky v ochraně evropských i neevropských druhů rostlin a živočichů. Ukázalo se, že v řadě evropských zemí jsou již i v ochranářských projektech poměrně běžně používány high-throughput genetické metody, včetně next-generation sequencing. Navázali jsme cenné kontakty s kolegy; někteří z nich nám předběžně přislíbili účast na ochranářsko-genetických workshopech, které budeme pořád v letošním a v příštím roce v České republice. Účast na konferenci pro nás byla velmi cenná.

Eidg. Forschungsanstalt WSL 

Zpráva z konference - Sheffield (UK)

6.-9.1.2015 se Stuart J.E. Baird účastnil konference Population Genetics Group Meeting konané v anglickém Sheffieldu.

The conference was dedicated in memoriam to Bryan Clarke, one of the co-founders. Highlights were:

1) Prof Nick Barton's talk on understanding genomic islands - neatly pointing out that the Fst statistic confounds the effects of loss of variation within populations with increased differences between populations. He demonstrated, for the Mimulus system, that a genomic island at flower colour polymorphism loci is due to the former, not the latter, in contrast to the assumptions made in most genomic islands publications.
2) The final day plenary talk by Simon Myers on his reconstruction of human population structure in the UK and especially Spain, where signal from the reconquista is writ large across Iberia. This resolution is made possible by taking into account the blockwise nature of DNA inheritance.

(zdroj: http://www.populationgeneticsgroup.org/index.php?page=page1)

Zpráva z workshopů - Český Krumlov

V lednu a počátkem února 2015 se Václav Janoušek zúčastnil dvou na sebe navazujících mezinárodních workshopů (Workshop on Genomics, Workshop on Molecular Evolution) pořádaných v Českém Krumlově.

Cílem účasti na genomickém workshopu bylo seznámení se s novými výpočetními metodami určenými k manipulaci a analýze sekvenačních dat produkovaných sekvenačními technologiemi nové generace (NGS – 454, Illumina, PacBio, Nanopore). Molekulárně evoluční workshop potom poskytnul přehled teorie a nových fylogenetických a populačně genetických metod určených k analýze celogenomických dat opět produkovaných NGS technologiemi. Workshop byl organizovaný na velmi vysoké úrovni s mezinárodní účastí. Pozvaní lektoři představovali špičky v daných oborech.

Oba workshopy probíhaly každý den ve třech tříhodinových blocích s ranním teoretickým blokem and odpoledním a večerním blokem zaměřeným na praktické seznámení s daty a programy. Oba workshopy tak poskytly účastníků velmi detailní vhled do dané problematiky.