CZ.1.07/2.3./20.0303

Zpráva z pracovní cesty - Uppsala, Švédsko

  

Ve dnech 11.-18. 10. 2012 absolvovala Tereza Králová (Ph.D. studentka, Ústav biologie obratlovců, pracoviště Studenec) pracovní cestu do Uppsaly (Švédsko) za účelem setkání s Mgr. Martou Promerovou, Ph.D. momentálně působící na místní Uppsala Universitet.

Předmětem návštěvy bylo předání dat z 454-pyrosekvenování MHC regionu hýla rudého (Carpodacus erythrinus), konzultace a jejich analýza. Výsledky budou publikovány během roku 2013. V rámci pobytu proběhlo i setkání s Reto Burrim, odborníkem na MHC oblast u ptáků. Tato návštěv mimo jiné přispěla i k dokončení společné publikace týkající se popisu MHC II u koroptve polní (Perdix perdix)1.

1 Promerová M, Králová T, Bryjová A, Albrecht T, Bryja J (submitted) MHC class IIB polymorphism in the Grey partridge (Perdix perdix) is shaped by selection, recombination and gene conversion.

Zpráva z pracovní cesty - Český Krumlov

6.-19.1.2013 se v Českém Krumlově konal Worshop on Genomics, kterého se zúčastnil také Mgr. Jakub Kreisinger, Ph.D. Během workshopu se seznámil s novými softwary pro assembly genomických dat, s analýzou metagenomických datasetů a rovněž s novými pokroky v transkriptomice a populační genomice. Podařilo se také navázat kontakty s kolegy ze zahraničních pracovišť zabývající se podobnou problematikou.

Zpráva z pracovní cesty - Mannheim, Německo

Ve dnech 19.-22.11.2012 se Mgr. Jakub Kreisinger, Ph.D. (zodpovědný za analýzu dat NextGen projektu) zúčastnil bioinformatického kurzu GS Software Summer School. Předmětem výuky byly pokročilé uživatelské dovednosti při analýze 454 dat (manipulace s .ssf soubory, analýza genetické variability, analáza resekvenačních experimentů). Tyto dovednosti jsou zcela zásadní pro analýzu dat získanách pomocí sekvenčníéch technologií nové generace.

Zpráva z pracovní cesty - Montpellier, Paříž, Francie

Ve dnech 23.-29.9.2012 v rámci pracovní cesty do Francie Doc. Mgr. et Mgr. Josef Bryja, Ph.D. (garant projektu) navštívil Centre de Biologie et Gestion des Populations v Montpellier, kde se setkal a disktoval s pracovníky, kteří se dlouhodobě zabývají použitím metod NGS sekvenování k analýze amplikonů. Byla diskutována také případná účast Ústavu biologie obratlovců v připravovaném evropském projektu.

Dále navštívil Museum National d'Histoire Naturelle v Paříži, kde se setkal s předními odborníky v oblasti evoluce a taxonomie afrických hlodavců. Jednali o podmínkách budoucí spolupráce, zejména při využití sbírkových materiálů k pyrosekvenčním analýzám.