CZ.1.07/2.3./20.0303

Zpráva z pracovní stáže - Bratislava (Slovensko)

Ve dnech 15.1.2015 – 15.4.2015 se Radovan Smolinský v rámci projektu NextGenProject: Technologie nové generace v evoluční genetice CZ.1.07/2.3./20.0303, zúčastnil stáže na Přírodovědecké fakultě Univerzity Komenského v Bratislavě (Slovenská republika) za účelem spolupráce na projektu vedeného Mgr. Petrem Mikulíčkem Ph.D.

V průběhu stáže jsem se zúčastnil projektu zaměřeného na genetickou analýzu slepýšů rodu Anguis (Anguidae), který se v současné fázi řešení nyní rozšířil o studium kontaktních zón, hybridizace a genetické struktury populací s aplikací multilokusové metody analýzy mikrosatelitů.

Na začátku stáže jsem byl seznámen s laboratoří, kdy jsem také absolvoval základní trénink týkající se aplikace plánovaných metod. Poté probíhala fáze vlastního projektu kdy jsem pod vedením Mgr. Mikulíčka Ph.D. a jeho spolupracovníků analyzoval již sesbíraná data z různých populaci druhu Anguis fragilis a Pseudopus apodus (Anguidae). Pobyt jsem zakončil studiem a aplikací programů pro populační analýzu.

Jelikož samotný projekt není ukončen, budeme i dále pokračovat v navázané spolupráci, jejíž výsledkem by krom publikace v časopise s IF, měla být i výměna studentů, naplánování společných projektů apod. 

Zpráva z workshopu (On Molecular Evolution) - Český Krumlov

 

Ve dnech 25.1.-7.2.2015 se Ondřej Mikula zúčastnil akce 'Workshop on Molecular Evolution 2015' pořádané v Českém Krumlově mezinárodní skupinou evolučních biologů (mj. Walter Salzburger, Basel; M. Matschiner, Oslo; J. Štefka, České Budějovice). Její náplní byl intenzívní sled přednášek a praktických cvičení pokrývajících hlavní témata v analýze molekulární evoluce na úrovni populací (např. šíření a evoluce pathogenů), druhů (např. vytváření druhových stromů) i fylogenticky vzdálenějších linií (např. detekce ortologních genů, datování evolučních divergencí). Na programu byly i obecné přednášky na témata statistická (maximální věrohodnost, Bayesiánská inference) i biologická (evoluce genomu).

Za silnou stránku a hlavní přínos workshopu považuji skutečnost, že mezi přednášejícími byli lidé, kteří se přímo podílí na vývoji příslušných statistických metod a byli jsme proto seznámení s nejnovějšími směry a softwarovými novinkami v oboru. Vzácná bylo samozřejmě také příležitost konzultovat s nimi průběžně nejasnosti, což je tím důležitější, že mezi českými vědci je sice silná komunita uživatelů probíraných metod, ale prakticky zde chybí jejich vývojáři, kteří by jim rozuměli až do technických detailů. Jako zvláště významné hodnotím uvedení technik jako 'fossilized birth-death model' ' a 'SVD quartets', představení softwareového projektu RevBayes a poměrně rozsáhlé uvedení do možností softwaru BEAST.

Zpráva ze stáže - Ploen (Německo)

Na úplnom začiatku mojej stáže (Zuzana Hiadlovská) bola v podstate akcia konaná prostredníctvom NextGen a to Workshop a konferencia 27. – 31. 10. 2014 v Nových hradoch. Tu som mala možnosť vidieť výsledky Dr. A. Yanchukova a Dr. Ž. Pezer Sakač ktorý pomocou metód Next-Generation sequencing študujú genetický polymorfizmus – variabilitu v počte kópií génov (CNV = copy number variation) v myších populáciách. Po konzultácii s nimi ako aj s mojím vedúcim prof. M. Macholánom sa mi otvorila možnosť naučiť sa metódu ktorou možno CNV analyzovať, a to digital droplet PCR, na pracovisku Max Planck Institute for Evolutionary Biology, v skupine Department Evolutionary Genetics vedenej prof. D. Tautzom. Reagovala som teda na výzvu NexGen projektu a požiadala o finančnú podporu, ktorá by mi umožnila toto pracovisko navštíviť.

Číst dál: Zpráva ze stáže - Ploen (Německo)

Zpráva z pracovní návštěvy - Ploen (Německo)

From 16.02.15 to 28.02.15, Oleksiy Yanchukov was visiting the Max Planck Institute for Evolutionary Biology (MPI) in Ploen, Germany. During this time I performed a series of experiments to optimize digital PCR for several autosomal loci in the mouse genome, and genotyped 3 new candidate genes for the copy number variation across the house mouse hybrid zone. The work was done jointly with Zuzana Hiadlovska visiting MPI from the Institute of Animal Physiology and Genetics ASCR, Brno. Multiple discussions were held with the colleagues at MPI concerning the perspectives of future collaboration. The results of this and previous visits motivated Z.Hiadlovska and me to submit a standard proposal to GACR, entitled “Analysis of gene copy number variation in the hybridizing populations of Mus musculus ssp.”