CZ.1.07/2.3./20.0303

Zpráva ze zahraniční stáže - Langebio (Mexiko)

V období 14.3.-14.4. se Mgr. Jan Zima (PhD student, JU České Budějovice) účastnil stáže v Langebio (Mexiko) - the National Laboratory of Genomics for Biodiversity (Cinvestav), Laboratory of Ecological and Evolutionary Genomics, Irapuato.

Účastník si během individuálních konzultací osvojil řadu užitečných bioinformatických postupů využitelných při navrhování genetických markerů nové generace. Zejména šlo o práci v on-line databázi ant genomes portal (www.hymenopteragenome.org), a následné zpracování získaných sekvencí v běžných programech pro editaci sekvencí (např. SeaView, BioEdit či Geneious). Dále se účastník seznámil se základy zpracování výstupů ze sekvenátorů nové generace typu Illumina (práce v prostředí UNIX, programy Cutadapt, bwa, bowtie, RepeatMasker, Tablet). Praktickou částí výsledků stáže byla příprava vzorků pro sekvenaci genomů čtyř různých druhů Indopacifických mravenců metodou Illumina. Vzorky byly úspěšně připraveny, odeslány do specializované laboratoře a úspěšně sekvenovány na přístroji MiSeq Illumina s využitím kitu na přípravu genomové knihovny značky Nextera.

Zpráva ze semináře - Sychrov (ČR)

Ve dnech 6.-7. 5.2014  se Mgr. Olga Růžičková zúčastnila dvoudenní vzdělávací akce "Sympozium Sychrov 2014 - Rozvoj lidských zdrojů ve vědě a výzkumu".

Program prvního dne se skládal z přednášek týkajících se převážně programu Horizon 2020. Velmi přínosná byla například přednáška JUDr. Kratěnové, která podrobně osvětlila přístup "Open Access" v H2020.

Druhý den se konal kurz "Jak připravit a realizovat projekt v Horizon 2020" - zkušený lektor předal mnoho osobních zkušeností a tipů jak přistupovat k psaní projektové žádosti a realizaci projektu evropského "rozměru". Výhodou byl malý počet účastníků, takže byl poměrně velký prostor na diskusi o nejrůznějších aspektech přípravy projektu a kurz byl díky tomu více interaktivní. Sympozium přispělo dalším dílem k lepšímu porozumění a orientaci v programu H2020. Na základě této a předchozích akcí s tématikou H2020, kterých se Olga Růžičková v rámci projektu Next Gen zúčastnila, připravuje na červen 2014 přednášku pro vědecké kolegy na ÚBO ve Studenci, aby načerpané vědomosti a zkušenosti co nejefektivněji předala dále.

Zpráva z workshopu - Cambridge (UK)

13.4.2014 se v Cambridge (UK) konal workshop s názvem Advance course Wellcome Trust on Next Generation Sequencingastnila Joelle Gouy de Bellocq, PhD.doc NextGen projektu):

The course consisted of 6.5 days of theory, practices and conferences on Next generation sequencing systems available and those on the near horizon. The laboratory element covered a mix of Technologies (Mi-Seq and Hi-Seq Illumina, Ion Torrent and PacBio plateforms). The courses covered RNA sequencing, target enrichment and variation analyses. The practical sessions dealt with post-sequencing analyses such as quality control, alignment, assembly and variant calling based on Linux. 

Zpráva z pracovní cesty - Praha (ČR)

Dne 31.3.2014 se v rámci práce pro grant office projektu NextGen Mgr. Olga Růžičková zúčastnila semináře pořádaného Technologickým centrem AV ČR v Praze na téma „Support For Mobility, Training and Career Development of Researchers Under H2020 – Marie Skłodowska Curie Actions“.

Na semináři zástupkyně EK spolu s NCP pro Marie S. Curie Actions v ČR seznámily účestníky s programy a výzvami plánovanými v rámci H2020 na podporu mobility vědeckých pracovníků (individual felowships, international training networks) a předaly cenné informace ke konkrétním aspektům psaní těchto projektů (na co si dát pozor, na co EK klade důraz, nová evaluační kritéria atd.). O své zkušenosti se s účastníky podělili také úspěšní účastníci podobných projektů v rámci předchozího rámcového programu (FP7). Na závěr pracovnice české kanceláře Euraxess podala informace o možnostech a službách, které tato evropská platforma vědcům nabízí. Ze semináře bylo zpracováno summary s poznámkami, které zazněly v podnětných diskusích, a spolu s prezentacemi materiál bylo poskytnuto ostatním vědeckým kolegům.