CZ.1.07/2.3./20.0303

Zpráva z konference - Berlín (Německo)

19.-22.5.2014 se konala v Berlíně (Německo) konference Complex Community Trait Meeting, na které Mgr. Václav Janoušek prezentoval poster s názvem: Introgression in the hybrid zone between two house mouse subspecies (Mus musculus musculus/M.m. domesticus) correlates with population differentation.

Zpráva ze zahraniční stáže - Montpellier (Francie)

Stáže v CBGP (The Center for Biology and Management of Populations, Montpellier) 6. 4. – 19. 4. 2014 zúčastnila Mgr.Alena Fornůsková, PhD. Předmětem stáže byla příprava společného projektu s Dr. Nathalie Charbonnel. Připravovaný projekt je zaměřen na analýzu vzorků hlodavců z jihovýchodní Asie a studium variability jejich imunitních genů vzhledem k prevalenci Leptospiry. Financování projektu bude převážně hrazeno ze zdrojů, které má k dispozici Dr. Charbonnel (především laboratorní práce a zpracování dat) a částečně z projektu NextGen (doprava a ubytování během stáže v CBGP). O část nákladů jsem se rozhodla žádat i francouzskou vládu v rámci výzvy projektu BGF (Bourse Gouvernement Francais pro Postdoc). Během stáže jsem prohledávala databázi vzorků, která je v CBGP k dispozici a vybírala jsem vhodný modelový organismus a lokality. Nakonec jsem z rozsáhlé databáze vybrala tři druhy myší (Mus cookii, Mus caroli, Mus cervicolor) ze tří lokalit, kde se prevalence Leptospiry výrazně liší. Celkem tedy bude v projektu zanalyzováno cca 300 zvířat. Dále jsme diskutovali možnosti analýzy dat a rozhodli jsme se pro analýzu snipů u dvou studovaných imunitních genů a dále analýzu exprese těchto genů. S Dr. Charbonnel jsme naplánovaly laboratorní práce na září 2014 s ohledem na zveřejnění výsledků podávaného projektu BGF, který jsem obhajovala před česko-francouzskou komisí 15. 4. přes video konferenci. V příloze rovněž přikládám podaný projekt. Nicméně i v případě zamítnutí žádosti, bude tento společný projekt zrealizován. Závěrem bych ráda poděkovala organizátorům projektu NextGen za podporu, která mi umožnila zúčastnit se velmi produktivní stáže.

Zpráva ze stáže - University of Florida (USA)

Hulcr lab 320x240FlowBox 2 320x239STADIUM 320x239building 320x239

Ve dnech 17.2.-14.5.2014 se Mgr. Martin Šigut (PhD student, Ostravská univerzita v Ostravě) zúčastnil stáže na School of Forest Resources and Conservation, University of Florida, USA:

V průběhu stáže jsem měl možnost stát se členem týmu Dr. Jiřího Hulcra, který se specializuje na studium fylogenetických vztahů a evolučních zákonitostí ambrosiové symbiózy mezi houbami a kůrovcovitými brouky. Pro determinaci druhového složení splečenstva hub laboratoř využívá metagenomického přístupu Illumina Next Generation high-throughput sekvenování. Jelikož se specializuji na studium parazitoidů a jejich hostitelskou specializaci, o testoval jsem využití metagenomického přístupu pro determinaci parazitoidů v hostitelských housenkách. I když je příprava vzorků pro NGS poměrně náročná, umožňuje tato metodika oproti konvenčnímu Sangerovu sekvenování detekovat a citlivě v hostiteli determinovat těžce dostupná a rozeznatelná vajíčka, kukly i dospělce parazitoidů, a to najednou v jednom vzorku.

Stáž měla pro mne především praktický význam, jelikož tento metodický přístup bude v nejbližší době využit v nově vznikající Laboratoři trofických strategií hmyzu na Katedře biologie a ekologie Ostravské univerzity, kde budeme v masovém počtu zpracovávat vzorky hmyzu z projektu GAČR - Proč mají tropické lesy více druhů hmyzích herbivorů a parazitoidů než lesy mírného pásma.

Zpráva ze zahraniční stáže - Cardiff (UK)

1.2.-4.3.2014 se Mgr. Lenka Petráková (PhD studentka, MU Brno) účastnila zahraniční stáže na Cardiff School of Biosciences:

Cílem zahraniční stáže bylo získat nové vědomosti o Ion Torrent sekvenování a naučit se v praxi postupy pro přípravu vzorků a analýzy získaných dat během studietrofické specializace pavouků rodu Ammoxenus.

U těchto pavouků se předpokládá, že jsou specialisté na lov termitů. Vzhledem k tomu, že toto tvrzení je založeno na přímém pozorování, které může být obtížné u těchto krypticky žijících predátorů, je efektivnější potvrdit celou šířku jejich potravní niky pomocí analýzy fragmentů DNA kořisti v jejich trávicím traktu. Metody NGS umožní získat obrovské množství sekvencí a odhalit tak druhové spektrum kořisti.

 Stáž hodnotím jako velice přínosnou. Naučila jsem se nové přístupy ke stanovování trofické niky, seznámila jsem se s programy na vyhodnocování sekvenačních dat a mohla diskutovat  problematiku své studie s uznávanými odborníky na dané téma. V současné době připravuji manuskript.