CZ.1.07/2.3./20.0303

Zpráva z konference - Sevilla (Španělsko)

Ve dnech 11. - 15. 11. 2014 se Ondřej Mikula zúčastnil konference „Modern phylogenetic comparative methods“ v Seville (Španělsko) organizované výzkumným ústavem Estación Biológica de Doñana.

Fylogenetické srovnávací metody jsou široce používány k analýze rozmanitých biologických dat posazených do kontextu evolučních vztahů mezi zkoumanými druhy. Zvláště významné je, že tyto metody jsou stále častěji nedílnou součástí fylogenetických rekonstrukcí a některé z nich byly adaptovány pro potřeby vysoce dimenzionálních dat (genomická a další „omická“ data, tvar orgánů, symbiotická seskupení vázaná na konkrétní hostitele). Například stochastické mapování umožňuje datovat mnohočetné genomické změny, fylogenetická logistická regrese analyzuje pravděpodobnost výskytu konkrétní mutace a analýza vzdálenostních matic testuje zda podobnost vzorců genové exprese odráží historickou příbuznost organismů.

Motivací pro účast na této konferenci byla přítomnost několika vůdčích postav v této statistické disciplíně. Nejdůležitější byly z mého pohledu příspěvky T. Hansena, E. Paradise a J. Uyedy, kteří podrobně rozebírali vlastnosti a možné aplikace metody fylogenetických zobecněných nejmenších čtverců, E. Sherratt, která představovala soubor dostupných metod založených na analýzách vzdálenostních matic a L. Revella, který rozebíral problém fylogentického umístění vyhynulých druhů pomocí zástupných dat.

Zpráva z workshopu - Samara Private Game Reserve (Jihoafrická republika)

IMG 7589 640x358

autor fotografie: Jeanette Wentzel

Ve dnech 3. až 7. listopadu 2014 se Mgr. Barbora Zemanová, Ph.D.  zúčastnila 4. jarní školy metabarcodingu v Jihoafrické republice; konkrétním místem konání byla reservace Samara Private Game Reserve v oblasti East Cape. Celá služební cesta (tj. včetně cest na/z místa konání) trvala od 1. do 9. listopadu a absolvovala jsem si společně s kolegou Wasimuddinem, Ph.D.:

Výuka trvala obvykle od 8.30 do 18.30 (s přestávkami) a zahrnovala jak přednášky (o možnostech využití metody metabarcodingu v ekologických studiích a o problémech, které se s touto metodou váží), tak praktická cvičení. Trénovali jsme identifikaci trusu afrických kopytníků v terénu, učili se tyto vzorky sbírat, extrahovat z nich DNA a připravit PCR reakci. Většina praktických cvičení však byla věnována plánování metabarcoding-zahrnujícího experimentu (výběr vhodného bar kódu a vhodných primerů) a postupům zpracování rozsáhlých datových soborů získaných metabarcodingem (hl. filtrace chybných sekvencí). Kurz považuji za velice užitečný. Naučila jsem se celý postup metabarcodingu a získaly jsme také odkazy na mnohé softvérové nástroje, které se dají při metabarcodingu efektivně využít.

The fourth DNA metabarcoding spring school was mainly concerned about diet assessment but also covered assessing biodiversity in environment, paleo ecology etc. using the approach of DNA metabarcoding (NGS). The spring school was organized and directed by renowned names from the field, belong to different countries. It was an interactive workshop where participants learned about usefulness of this new method theoretically and at the same time performed the pipeline analysis practically. Other than learning there were field trips organized by team to get familiar with identification of non-invasive samples and also to know about various animal species. Overall, this school was a big success in terms of learning, getting in contacts of other researchers and also observing animal species in wild.

In this regard, I would like to thank to NextGenProject (CZ.1.07/2.3.00/20.0303) for providing me travel support to attend this conference, which was a great success.

Zpráva z pracovní cesty - Ploen (Německo)

From 4th to 26th of October, Oleksiy Yanchukov (post-doc) visited a Max-Plank Institute of Evolutionary Biology in Ploen, Germany.

There he conducted a series of laboratory experiments in order to genotype the genomic DNA samples of the house mice from the Czech-Bavarian hybrid zone for gene copy-number (CN) variation. Using the QX-200 droplet digital PCR (ddPCR) machine (Bio-Rad), he attempted to quantify the signals form the reference single-copy gene(s) and the target gene(s) with unknown copy-number, based on the difference in ampicon lengths, using a single colour detection with Eva-Green DNA dye. After a series of experiments, it was possible to distinguish the samples with elevated gene copy number, however, the precision of such quantification can be rather poor due to the insufficient separation of signals from the reference and the target genes. He concluded that the single colour multiplexing could be used a cheap and quick method to scan for the elevated CN among many samples. To precisely determine the copy number, a smaller subset of samples with suspected CN differences can be amplified on the same ddPCR instrument using the specific fluorescent probes (a more expensive). Alternatively, the specific probes may be used when the precision is important and samples are not numerous. In the future visits to Ploen, a combination of both methods will be used.

Zpráva z pracovní cesty - Ploen (Německo) + Shatsk (Ukrajina)

8.-10.9.2014 se Oleksiy Yanchukov účastnil pracovního workshopu v německém Ploenu a konference v ukrajinském Shatsku:

From 9/09/14 to 10/09/14, I was visiting the Max-Plank Institute of Evolutionary Biology in Ploen, Germany, to take part in the workshop provided by Pia Scheu and her colleagues from Bio-Rad, Inc. The practical workshop concerned the use of the Bio-Rad QX-2000 digital PCR machine, which I intend to use during the future visits to MPI in terms of our collaboration on the house mouse genetics. 

On 11/09/14 I travelled to the town of Shatsk, Ukraine, to participate at the meeting "Condition and biodiversity of the ecosystems of the Shatsk National Park". I presented a talk "Hybrid zones as natural evolutionary laboratories" to the interested audience of students and researched from Ukraine, and renewed the contacts with Ukrainian colleagues. In particular, we discussed the possibility to continue the research on the hybrid zone of Bombina toads, and the possibility of a prospective PhD student from Lviv National University in Ukraine to attend the upcoming CENTRAL EUROPEAN MEETING ON GENES, GENE EXPRESSION, AND BEHAVIOUR in Nove Hrady to boost her possible research project on Bombina in Ukraine.