CZ.1.07/2.3./20.0303

Zpráva z workshopu (On Molecular Evolution) - Český Krumlov

V dňoch 25.1. – 7.2.2015 sa v Českom Krumlove konal Workshop on Molecular Evolution, ktorý bol zameraný na fylogenetickú analýzu multilokusových dát a fylogeografiu. Tohoto workshopu sa zúčastnila aj študentka Tatiana Aghová. Počas dvoch týždňov bol program naozaj nabitý, pracovalo sa od 9 rána do 10 večer. Doobedia patrili teoretickým prednáškam a poobede bola možnosť jednotlivé metódy a programy prakticky vyskúšať. Preberali sa najnovšie implementácie BEASTu, species tree, koalescencia, substitučné modely, selekcia, inovatívna kalibrácia molekulárnych hodín a nové fylogenetické programi (GARLI, RevBayes, SVDquatets). Medzi lektormi boli svetové špičky v obore: Alexei J. Drummond, Laura Kubatko, Tania Stadler, Joseph Bielawski, Walter Salzburger, David Swofford alebo Paul Lewis.

Na workshope sa stretli študenti z roznych oborov (zoológia, botanika, matematika). Cieľom všetkých bolo zdokonaliť sa v analýze dát. Vytvorila sa tak sieť vedcov, ktorí riešia rovnaké problémy a teraz sa možu navzájom inšpirovať a pomáhať si. Nesmierne motivujúce bolo aj vidieť všetkých veľkých vedcov prednášať a ešte prínosnejšie bolo konzultovať s nimi neoficiálne při obede či večeri.

„Na workshope som stretla veľa skvelých ľudí, či už z radov lektorov alebo účastníkov. Verím, že s mnohými z nich zostanem naďalej v kontakte. Bola by som veľmi rada, keby sa nám v budúcnosti podarilo spolupracovať.“

 

WME2015 group 700x467

Zpráva z workshopu (On Genomics) - Český Krumlov

Ve dnech 11. – 24. ledna 2015  se Jiří Vorel účastnil prestižního kurzu Workshop on Genomics, pořádaném v Českém Krumlově. Workshop byl zaměřen na velice aktuální téma, tj. na zpracování, vyhodnocení a porozumění datům, které produkují moderní sekvenační technologie (např. 454, Illumina, Pacific Biosciences, Nanopore seq.) a to pomocí příslušných softwarových nástrojů.

Kurz začínal každodenním ranním teoretickým úvodem na dané téma (přednáška zahraničního specialisty), s následným praktickým cvičením se vzorovými daty (instruovaný postup dozorovaný specialisty). Mimo jiné byli účastníci seznámeni s historií a současností sekvenčních metod. Lektoři se dále intenzivně věnovali práci v Unixovém prostředí, kontrole kvality získaných dat, sekvenčnímu vyhledávání v databázích či skládání sekvenčních fragmentů do původní podoby genů/genomu. Ve specializovaných částech kurzu byl program zaměřen na využití NGS metod v metagenomice, patogenomice, genomice jedné buňky, evoluční genomice, či transkriptomice.

Osobně považuji celý kurz za mimořádně přínosný. Program kurzu byl nastaven tak, aby i začátečník získal dobrý přehled o všech krocích, které je potřeba učinit, aby z původních výstupních sekvenčních dat bylo možné získat smysluplné výsledky. Za velké plus považuji i to, že u několika analýz bylo představeno více různých softwarových možností a analytických postupů, z nichž si uživatel může vybírat dle svého uvážení a komfortnosti práce.

 

WoGI.I 2 800x263

 

Zpráva z pracovní stáže - Ploen, Německo

During second visit (9.11.-5.12.2014) at Max-Plank Institute of Evolutionary Biology in Ploen,  Oleksiy Yanchukov focused on obtaining the CNV (gene copy-number variation) genotypes for 252 individual samples of the house mouse DNA. I used the fluorescent probe assays to simultaneously estimate the amount of template DNA for a single-copy reference gene, Tert, and the target gene with unknown copy number. The genotypes for three genes, Smok2a, Cma1 and Retnlb, were scored for the whole set of samples. A few additional experiments were performed using the indiscriminate DNA dye, Eva-Green, to directly compare with the probe-based results. I found that using Eva-Green method might be suitable for the initial optimisation of the digital PCR for specific genes, but for the bulk processing of hundreds of samples, the probe-based method is the most optimal method. 

The CNV results for the three genes were quite meaningful: the Smok2a and Cma1 genes show clear stepped pattern of geographical variation across the hybrid zone, with populations of Mus m. musculus demonstrating higher copy number on average. The Retnlb gene is uniformly diploid (copy number =2) in both subspecies, but the samples close to the center of the hybrid zone show elevated copy number (~3-4). A third visit to Ploen is planned in 2015, to obtain the CNV data for several more candidate genes --- we expect to publish the combined results from 2014-15 towards the end of 2015.

Zpráva z pracovní cesty - Bukurešť (Rumunsko)

Josef Bryja se zúčastnil 19.-21.11.2014 mezinárodního zoologického kongresu 6th  Annual Zoological Congress of "Grigore Antipa" organizovaného National History Museum Grigore Antipa, na pozvání ředitele tohoto muzea, dr. Luís Popa. Hostující strana hradila letenku a ubytování, z NextGenProject bylo hrazeno stravování. Konference se konala v hlavním sídle rumunské Akademie věde, kde J. Bryja přednesl plenární přednášku po zahájení kongresu (pro cca 300 lidí), která se týkala využití genetických metod ve studiu biodiverzity afrických savců a patogenů, kterou mohou přenášet.
Dále řídil sympozium "Phylogenetics, Evolution and Systematics". Při návštěvě molekulárně-genetické laboratoře National History Museum Grigore Antipa diskutoval o využití next-generation sequencing v ekologických a evolučních studiích.