CZ.1.07/2.3./20.0303

Zpráva z konference - Mantasoa (Madagaskar)

Doc. Mgr. et Mgr. Bryja Ph.D. se 11.-18.4.2015 aktivně zúčastnil tradiční konference The 12th African Small Mammal Symposium zaměřené na ekologii, biodiverzitu a medicínský význam drobných afrických savců. Jako hlavní prezentující autor zde na pozvání organizátorů přednesl přednášku "Genetic structure of rodents in Zambezian savannah - the role of rivers, mountains and climatic changes", kde byly prezentovány recentní výsledky rozsáhlého genetického výzkumu, který byl částečně realizován i za využití genotypizačních přístupů tzv. Next generation sequencing (NGS). Kromě hlavní přednášky byl dále spoluautorem jedné další přednášky a jednoho posteru.

Prezentované využití NGS metod, konkrétně 454 pyrosekvenování, pro genotypizace vzorků s nízkou kvalitou a kvantitou DNA (např. staré muzejní sběry) bylo rozsáhle diskutováno s přítomnými kolegy, kteří se zabývají obdobným výzkumem. Těchto diskuzí se účastnili i odborníci z hlavní zahraniční partnerské instituce v rámci NextGenProject, tj. z Centre de Biologie et Gestion des Populations v Montpellier ve Francii (L. Granjon, C. Brouat, J.M. Duplantier) - všichni zainteresovaní se shodli, že se jedná o unikátní přístup, který může pomoci rozřešit řadu problémů týkajících se africké biodiverzity, zejména v oblastech, které jsou v současné době nedostupné kvůli nestabilní politické a vojenské situaci. Konkrétní společné projekty revizí některých skupin drobných savců využívající NGS byly domluveny s kolegy z Field Museum v Chicagu (S. Goodman, W. Stanley, J. Kerbis Peterhans), Smithsonian Institution of Natural History ve Washingtonu (M. McDonough) či z Muséum National d´Histoire Naturelle v  Paříži (C. Denys, V. Nicolas, A. Lalis).  

Zpráva z pracovní stáže - Marseille (Francie)

V dňoch 15. 4. – 16. 6. 2015 sa Lenka Gettová zúčastnila stáže na Aix-Marseille Université, Marseille, Francúzsko. Pobyt bol financovaný projektom „NextGenProject: Technologie nové generace v evoluční genetice (CZ.1.07/2.3./20.0303)“.

Cieľom stáže bolo predovšetkým oboznámiť sa s možnosťami spracovania vzoriek zozbieraných počas Ph.D. štúdia s použitím NGS techník. Pre štúdium polymorfizmu génov hlavného histokompatibilného systému (MHC gény) boli diskutované a zvažované platformy Illumina™ a Ion Torrent™. Následne boli zvládnuté pracovné postupy na prípravu DNA knižníc pre vybranú platformu IlluminaTM (od izolácie RNA po elektroforézu fragmentov na čipoch Agilent Technologies). V súčasnosti sú získane sekvenčné dáta analyzované programom SESAME.

Osvojené poznatky a zvládnuté techniky budú taktiež v budúcnosti využité pri príprave RNA/DNA knižníc v domovskom pracovisku aplikanta (Masarykova univerzita, Brno).

Zpráva z pracovní stáže - Montpellier (Francie)

V období od 4.5.2015 do 28.5.2015 sa Tatiana Aghová zúčastnila pracovnej stáže na inštitúcii Centre de Biologie et de Gestion des Populations (CBGP), Montferrier-sur-Lez, Francúzko. Pod vedením Laurenta Granjona, Gautiera Dobigny a Gaela Kergoata pracovala na projekte „Comparative phylogeography of Sudanian savanna using small mammals as a model“:

Cieľom projektu bolo pripraviť multilokusovú fylogenézu pre celú čeľaď myšovitých hlodavcov (Muridae). Použitím najnovších metód (BEAST) a overených fosílnych záznamov sme schopný molekulárne datovať divergencie medzi jednotlivými rodmi. Druhým cieľom projektu je pomocou 10 modelových druhov (Acomys, Arvicanthis, Gerbilliscus, Praomys, Lemniscomys, Nannomys a ďalšie) identifikovať obdobia, v ktorých došlo k speciácii na úrovni poddruhov. Tieto výsledky nám pomožu pochopiť evolučné mechanizmy, ktoré mali vplyv na organizmy počas Plio-Pleistocénu. Zároveň metódy použité v tomto projekte budem môcť uplatniť vo svojej dizertačnej práci, ktorá sa zaoberá fylogeografiou savany Somali-Masai. Na projekte budem pokračovať aj v budúcnosti a verím, že naďalej budeme rozvíjať spoluprácu s francúzkymi kolegami. Za podporu ďakujem projektu NextGenProject: Technologie nové generace v evoluční genetice CZ.1.07/2.3./20.0303. 

CBGP 640x480

Zpráva ze stáže - Florida (USA)

Ve dnech 25. 3. - 12. 6. se Petr Pyszko v rámci projektu NextGenProject: Technologie nové generace v evoluční genetice (CZ.1.07/2.3./20.0303), zúčastnil stáže na School of Forest Resources & Conservation, University of Florida, USA za účelem spolupráce s laboratoří vedenou Mgr. Jiri Hulcrem Ph.D. na vlastním projektu.

V průběhu stáže pracoval na vlastním projektu, který byl zaměřen na bakteriální symbionty trávícího traktu bryofágního hmyzu. Konkrétně se jednalo o analýzu změn složení bakteriálních společenstev v závislosti na míře bryofagie u několika blízce příbuzných druhů marší (Tetrigidae) a sledování cest vertikálního a horizontálního transportu bakterií u brouků rodu Cytilus sericeus (Byrrhidae).

V průběhu stáže byl Petr Pyszko postupně seznámen s chodem laboratoře a metodami práce při přípravě vzorků pro metagenomickou studii pomocí Illumina Miseq platformy. Následoval vlastní projekt zaměřený na výše zmíněná témata. V současné době probíhá studium programu Qiime sloužícího k analýze mikrobiálních sekvenčních dat a jeho aplikace na získané výsledky. Projekt tedy bude dále pokračovat statistickou analýzou dat a předpokládanou prací na publikacích v časopisech s IF faktorem. Spolupráce se School of Forest Resources & Conservation bude nadále rozvíjena.