CZ.1.07/2.3./20.0303

NextGen Net - 2.klíčová aktivita

 

Druhá klíčová aktivita NextGen Net je věnována rozvíjení spolupráce se zahraničními institucemi, které se problematice využití HT technologií věnují. V rámci projektu je dojednána intenzivní spolupráce se dvěma zahraničními pracovišti, která patří mezi evropskou špičku ve využívání HT technologií v nemedicínské molekulární genetice, s francouzským „The Center for Biology and Management of Populations, CBGP“ a polským „Institute of Environmental Sciences, Jagellonian University“. Počítíme s navázáním spolupráce také s dalšími evropskými pracovišti.

 

Spolupráce se zahraničím bude probíhat na 4 úrovních:

 

A) kratší návštěvy členů NextGen Teamu na zahraničních pracovištích (do 1 měsíce)

Tyto krátkodobé pobyty budou mít za cíl především konzultace se zahraničními odborníky, co se týče experimentálního designu a analýzy HT dat a také přípravu společných projektů a publikací. Členové tymu budou mít také v kompetenci dojednání stáží pro ostatní vědecké pracovníky a studenty.

 

B) stáže vědeckých pracovníků a studentů na zahraničních pracovištích (do 3 měsíců)

Bude se jednat o stáže dalších vědeckých pracovníků Ústavu biologie obratlovců (ÚBO) a studentů školených na ÚBO na zahraničních pracovištích. V mimořádných případech však bude možné na stáž vyslat i studenty/pracovníky “mimo ÚBO”, kteří nemají pražskou afiliaci. Účelem těchto stáží bude praktické seznámení pracovníků a studentů s HT postupy, půjde o konkrétní práci na konkrétních projektech, ať už co se týče přípravy vzorků, tak i analýzy dat.

 

C) mezinárodní workshop na téma využití HT technologií v molekulární ekologii

V roce 2014 bude uspořádán mezinárodní workshop, který bude zaměřen na využití HT technologií v molekulární ekologii a evoluční a ochranářské genetice. Tento workshop se bude konat na území ČR, nicméně organizován bude ve spolupráci se zahraničními spolupracujícími institucemi, které se budou podílet na programu (přednášky a  praktická cvičení). Účast na workshopu bude nabídnuta zaměstnancům a studentům ÚBO, ale i studentům a akademickým pracovníkům z jiných (kromě pražských institucí).

 

D) účast na mezinárodních workshopech, letních školách a konferencích

Zájemcům z řad vědeckých pracovníků a studentů ÚBO, ale i studentům a akademickým pracovníkům z jiných (kromě pražských) institucí bude hrazena účast na zahraničních konferencích a workshopech, které budou zaměřeny na HT technologie a analýzu obtížných multilokusových dat. Cílem této dílčí aktivity je navazování nových kontaktů se zahraničím, které by mohly vést k uzavření dalších spoluprací, a prezentace a diskuze konkrétních HT a multilokusových výsledků v mezinárodním měřítku.

 

 

NextGen Team - 1.klíčová aktivita

 

Hlavní klíčovou aktivitou projektu je vytvoření pracovní skupiny NextGen Team a ustavení její činnosti na pracovišti Ústavu biologie obratlovců ve Studenci, Akademie věd České republiky. Práce týmu je zaměřena na využití moderních high-throughput (HT) technologií (tzn. především next-generation sekvenování a mikročipů) pomocí genomických a transkriptomických přístupů, stejně jako zpracování obsáhlých multilokusových dat jiného než HT typu (např. obsáhlé mikrosatelitové sety).

 

NextGen Team je zaměřen na dva aspekty využití HT technologií:

(1) experimentální design,

(2) analýzu dat.

 

Tematicky je práce týmu soustředěna do molekulárně-genetických oblastí zoologického výzkumu, zejména molekulární ekologie, evoluční a populační genetiky a ochranářské genetiky. Důraz je kladen také na spolupráci se zahraničím (viz druhá klíčová aktivita NextGen Net).

Činnost celé skupiny koordinuje garant projektu, doc. Josef Bryja, Ph.D., který je zároveň vedoucím detašovaného pracoviště Ústavu biologie obratlovců ve Studenci. Vědecká práce členů týmu je soustředěna kolem zahraničního experta Stuarta Bairda, Ph.D., který má rozsáhlé zkušenosti s HT technologiemi. Tyto zkušenosti předává vědeckým pracovníkům projektu a to formou osobních konzultací a společnou prací na vědeckých projektech.

Vědecké pracovní pozice jsou soustředěny na experimentální design (Mgr. Dagmar Čížková, Mgr. Eva Holánová), analýzu dat (Mgr. Václav Janoušek, Mgr. Jakub Kreisinger, Ph.D., Mgr. Eva Holánová) a na práci informatika (Mgr. Libor Mořkovský). V roce 2013 se do týmu začlení také post-doc po návratu z ciziny (Adam Konečný). Laboratorní práce jsou zajišťovány techničkou projektu (Mgr. Petra Rabušicová). Poradenství při podávání žádostí o VaV projekty má na starosti manažerka vědeckých projektů (Mgr. Olga Růžičková). Administrativní podpora je zajišťována administrátorkou projektu (Mgr. Jana Komárková) a ekonomickou manažerkou projektu (Ing. Kateřina Prokopová).

 Schéma týmu

                       

Kromě samotné vědecké činnosti je náplní práce členů NextGen Teamu také předávání nabytých zkušeností studenům a akademickým pracovníkům v ČR (s výjimkou studentů a pracovníků s pražskou afiliací). Toto se děje formou OSOBNÍCH KONZULTACÍ na téma experimentálního designu a analýzy HT dat, přednášením na SEMINÁŘÍCH a ŠKOLENÍM STUDENTŮ magisterského, bakalářského a doktorandského studia.

V případě zájmu neváhejte kontaktovat Dagmar Čížkovou (dejsha@seznam.cz).